MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Shigella boydii CDC 3083-94 plasmid pBS512_5

Total Repeats: 83

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_010659	GAA	2	6	376	381	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	187734271
2	NC_010659	GAT	2	6	409	414	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	187734271
3	NC_010659	GCT	2	6	453	458	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	187734271
4	NC_010659	CTGG	2	8	498	505	0 %	25 %	50 %	25 %	187734271
5	NC_010659	A	6	6	579	584	100 %	0 %	0 %	0 %	187734271
6	NC_010659	CGC	2	6	672	677	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	187734271
7	NC_010659	TG	3	6	695	700	0 %	50 %	50 %	0 %	187734271
8	NC_010659	CGT	2	6	841	846	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	187734271
9	NC_010659	CA	3	6	1108	1113	50 %	0 %	0 %	50 %	187734271
10	NC_010659	AG	3	6	1130	1135	50 %	0 %	50 %	0 %	187734271
11	NC_010659	TATG	2	8	1193	1200	25 %	50 %	25 %	0 %	187734271
12	NC_010659	GCG	2	6	1231	1236	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	187734271
13	NC_010659	GCA	2	6	1590	1595	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	187734269
14	NC_010659	CCA	2	6	1624	1629	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	187734269
15	NC_010659	TGC	2	6	1745	1750	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	187734269
16	NC_010659	GCT	2	6	1752	1757	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	187734269
17	NC_010659	T	6	6	1768	1773	0 %	100 %	0 %	0 %	187734269
18	NC_010659	T	6	6	1798	1803	0 %	100 %	0 %	0 %	187734269
19	NC_010659	CGT	2	6	1808	1813	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	187734269
20	NC_010659	T	8	8	1821	1828	0 %	100 %	0 %	0 %	187734269
21	NC_010659	CTG	2	6	1853	1858	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	187734269
22	NC_010659	ATA	2	6	1972	1977	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	187734269
23	NC_010659	CTGC	2	8	1987	1994	0 %	25 %	25 %	50 %	187734269
24	NC_010659	ATC	2	6	2010	2015	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	187734269
25	NC_010659	GGA	2	6	2203	2208	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	187734270
26	NC_010659	CAT	2	6	2238	2243	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	187734270
27	NC_010659	GAA	2	6	2248	2253	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	187734270
28	NC_010659	A	6	6	2296	2301	100 %	0 %	0 %	0 %	187734270
29	NC_010659	AAC	2	6	2355	2360	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	187734270
30	NC_010659	TTG	2	6	2370	2375	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	187734270
31	NC_010659	ATG	2	6	2499	2504	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	187734270
32	NC_010659	T	6	6	2528	2533	0 %	100 %	0 %	0 %	187734270
33	NC_010659	A	7	7	2572	2578	100 %	0 %	0 %	0 %	187734270
34	NC_010659	GCC	2	6	2612	2617	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	187734270
35	NC_010659	TTG	2	6	2619	2624	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	187734270
36	NC_010659	CG	3	6	2685	2690	0 %	0 %	50 %	50 %	187734270
37	NC_010659	ATC	2	6	2694	2699	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	187734270
38	NC_010659	GCC	2	6	2759	2764	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	187734270
39	NC_010659	TTG	2	6	2784	2789	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	187734270
40	NC_010659	GGA	2	6	2802	2807	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	187734270
41	NC_010659	CAG	2	6	2855	2860	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	187734270
42	NC_010659	AGCAAA	2	12	2868	2879	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	187734270
43	NC_010659	A	6	6	2877	2882	100 %	0 %	0 %	0 %	187734270
44	NC_010659	GTTC	2	8	2900	2907	0 %	50 %	25 %	25 %	187734270
45	NC_010659	GCT	2	6	3025	3030	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	187734270
46	NC_010659	A	6	6	3047	3052	100 %	0 %	0 %	0 %	187734270
47	NC_010659	CT	3	6	3055	3060	0 %	50 %	0 %	50 %	187734270
48	NC_010659	AT	3	6	3080	3085	50 %	50 %	0 %	0 %	187734270
49	NC_010659	TGT	2	6	3121	3126	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	187734270
50	NC_010659	AAC	2	6	3159	3164	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	187734270
51	NC_010659	G	6	6	3198	3203	0 %	0 %	100 %	0 %	187734270
52	NC_010659	A	6	6	3240	3245	100 %	0 %	0 %	0 %	187734270
53	NC_010659	GAAT	2	8	3274	3281	50 %	25 %	25 %	0 %	187734270
54	NC_010659	GCT	2	6	3329	3334	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	187734270
55	NC_010659	GGC	3	9	3400	3408	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	187734270
56	NC_010659	GCA	2	6	3556	3561	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	187734270
57	NC_010659	AGG	2	6	3564	3569	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	187734270
58	NC_010659	G	6	6	3603	3608	0 %	0 %	100 %	0 %	187734270
59	NC_010659	GTA	2	6	3615	3620	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	187734270
60	NC_010659	TCT	2	6	3861	3866	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	187734268
61	NC_010659	TAA	2	6	3873	3878	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	187734268
62	NC_010659	T	6	6	3885	3890	0 %	100 %	0 %	0 %	187734268
63	NC_010659	GTT	2	6	3955	3960	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	187734268
64	NC_010659	AAT	2	6	4018	4023	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	187734268
65	NC_010659	CTC	2	6	4027	4032	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	187734268
66	NC_010659	T	7	7	4085	4091	0 %	100 %	0 %	0 %	187734268
67	NC_010659	T	7	7	4130	4136	0 %	100 %	0 %	0 %	187734268
68	NC_010659	ATT	2	6	4146	4151	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	187734268
69	NC_010659	CTT	2	6	4170	4175	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	187734268
70	NC_010659	ATC	2	6	4196	4201	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	187734268
71	NC_010659	TA	3	6	4206	4211	50 %	50 %	0 %	0 %	187734268
72	NC_010659	T	8	8	4216	4223	0 %	100 %	0 %	0 %	187734268
73	NC_010659	G	7	7	4247	4253	0 %	0 %	100 %	0 %	187734268
74	NC_010659	TTA	2	6	4285	4290	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	187734268
75	NC_010659	TGAT	2	8	4313	4320	25 %	50 %	25 %	0 %	187734268
76	NC_010659	TA	4	8	4327	4334	50 %	50 %	0 %	0 %	187734268
77	NC_010659	CAC	2	6	4417	4422	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	187734268
78	NC_010659	TA	3	6	4501	4506	50 %	50 %	0 %	0 %	187734268
79	NC_010659	TAT	2	6	4553	4558	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	187734268
80	NC_010659	T	6	6	4570	4575	0 %	100 %	0 %	0 %	187734268
81	NC_010659	CCA	2	6	4576	4581	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	187734268
82	NC_010659	TGT	2	6	4633	4638	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	187734268
83	NC_010659	TAT	2	6	4697	4702	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	187734268

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.